Ở cấp hành chính, đảo Dejima là một phần của thành phố Nagasaki. Hai mươi lăm gia đình Nhật Bản sở hữu đất đều nhận được phí thuê đất hàng năm từ Hà Lan. Dejima là một hòn đảo nhỏ, có kích cỡ 120 x 75 mét,[5] nối với đất liền bằng một cây cầu nhỏ, được canh gác ở cả hai phía, và có một cổng ở phía Hà Lan. Nơi đây có nhà ở cho khoảng 20 người Hà Lan, kho hàng, và nhà ở cho các quan chức Nhật Bản. Những người Hà Lan bị chịu sự theo dõi bởi một số quan chức, lính gác cổng, lính canh đêm và một vị quan giám sát (otona 乙名) với khoảng năm mươi người dưới quyền. Có một số thương gia cung cấp hàng hoá và dịch vụ ăn uống, và khoảng 150 người phiên dịch (tsūji 通詞) đã phục vụ. Họ đều phải được trả lương bởi VOC. Giống như thành phố Nagasaki, Dejima cũng chịu sự giám sát trực tiếp từ Edo thông qua một thống đốc (Nagasaki bugyō).

Mỗi con tàu đến Dejima đều được kiểm tra, những cánh buồm của nó đều bị người Nhật giữ lại cho đến khi họ thả tàu ra. Họ tịch thu sách về tôn giáo và vũ khí. Người Hà Lan không được phép duy trì bất kỳ dịch vụ tôn giáo nào trên đảo.

Mặc cho gánh nặng tài chính của việc duy trì tiền đồn cô lập trên Dejima, thương mại với Nhật Bản rất có lợi cho người Hà Lan, ban đầu đem lại lợi nhuận từ 50% trở lên. Tuy vậy, thương mại đã suy giảm trong thế kỷ 18, chỉ có hai tàu mỗi năm được phép cập cảng tại Dejima. Sau sự phá sản của Công ty Đông Ấn vào năm 1795, chính phủ Hà Lan đã tiếp quản sự thông thương với Nhật Bản. Những thời điểm đó thật sự khó khăn, khi mà Hà Lan (sau này gọi là Cộng hoà Batavia) chịu sự cai trị của nước Pháp thời Napoleon. Mọi sự liên lạc với quê hương đã bị cắt đứt tại Dejima, và trong một khoảng thời gian, đó là nơi duy nhất trên thế giới mà lá cờ Hà Lan tung bay.

Viên chức đứng đầu của Hà Lan ở Nhật Bản được người Hà Lan gọi là Opperhoofd, hoặc Kapitan (bắt nguồn từ tiếng Bồ Đào Nha capitão) bởi người Nhật. Danh xưng mô tả này không thay đổi khi giao dịch của hòn đảo nằm dưới quyền của nhà nước Hà Lan. Trong những năm này, theo kế hoạch là phải có một vị quan trưởng thay thế mỗi năm - nhưng đôi khi các kế hoạch cần được linh hoạt.